实验室通风系统对设备（特别是通风柜）是有一定标准和要求的。抛开设备因素不谈，单纯从实验室通风设计上考虑，实验室通风空调系统的设计要考虑以下几个主要因素:
（1）保证实验室的安全性，保证一定数量的换气次数
（2）解决实验室通风系统负压的设计和系统控制
（3）在满足换气次数和全新风条件下，控制能耗
（4）系统的可靠性
实验室通风设计主要采用以下步骤和方案
（1）实验室根据工艺要求和功能布置选择一定数量的通风柜，有的还兼有部分局部排风罩。通常校核下来换气次数远远大于10次，一般在20-30次以上，满足换气次数要求。但是此换气次数是按照通风开启面积计算的通风量，资料和经验表明100台通风柜99%的时间只有18个或更少的人在使用。故还应校核通风柜开启面积时的通风量和换气次数，若小于换气次数要求，则增加综合排风系统。
（2） 实验室通风采用全新风系统，通风柜的排气不在室内循环。由于实验室要求房间相对其他辅助区域为负压。所以实验室的新风量设计为排风量的70﹪-80﹪。另外20﹪-30﹪的新风送至实验室辅助房间、办公、管理用房、内走道等，再由门窗缝隙补充到房间。
（3） 通风柜的风量平衡可以采用定风量控制系统，即排风量恒定，送风量和门窗缝隙补充风量恒定。此方法适用于排风量满足换气次数要求的实验室。
对于排风量远大于通风量要求的房间还可以采用两段式通风控制系统保证风量平衡，即根据通风柜的位移信号，排风机、送风机有2种送风工况，低风量工况应用于维持换气次数的要求，节约能耗。此情形药检所采用了变风量控制系统。通风柜风量变化时，排风量也会相对变小，此时要求放置在屋顶的排风机随着通风柜柜门的位置变化而变频，降低风量，保证通风柜面风速恒定。同时自控系统改变全新风风机的频率，降低风量，维持负压平衡。变风量系统可以降低系统能耗。系统、换气次数接近则考虑采用定风量系统，使得系统简单，降低初投资。
实验室压力控制和通风量的控制除了设备选型因素以外，实验室通风系统设计和控制系统是关键因素，要保证系统的反应时间要足够短（<1秒），通风系统不平衡会导致通风柜排风和捕捉能力散失，气流流出实验室，建筑物内压力不稳定。
